Один из наиболее ярких представителей органной школы России, композитор, педагог. Почти четыре десятилетия ведет активную концертную деятельность, за это время представив свыше 1000 концертов практически во всех городах России и бывшего Советского Союза, где установлены органы. В их числе крупнейшие столичные сцены – Большой и Малый залы Московской консерватории, Концертный зал имени П.И. Чайковского, Светлановский зал Московского международного Дома музыки, а также залы Санкт-Петербургской академической филармонии и Государственной академической капеллы Санкт-Петербурга.
Музыкант гастролировал во многих европейских странах – во Франции (концерты в Соборе Парижской Богоматери, кафедральных соборах Дижона, Руана, Бордо), в Австрии, Голландии, Италии, Швейцарии, Финляндии, Польше, Болгарии, Белоруссии, Литве, Латвии (в Рижском Домском соборе), а также на Украине, в странах Азии и Ближнего Востока – Израиле, Ливане, Сирии. Он неоднократно принимал участие в международных фестивалях, проходивших в Германии, Шотландии, Португалии, Эстонии.
В 1982 году Алексей Шмитов окончил Московскую консерваторию по двум специальностям – как пианист (класс профессора Татьяны Николаевой) и органист (класс профессор Леонида Ройзмана), после чего совершенствовал мастерство в аспирантуре под руководством Леонида Ройзмана. Неоднократно принимал участие в мастер-классах ведущих европейских органистов: Лео Кремера, Харальда Фогеля и Людгера Ломана (Германия), Ги Бове (Швейцария).
В 1987 году занял II место на престижном Международном конкурсе органистов Dom zu Speyer в Западной Германии, став первым советским (российским) органистом, получившим звание лауреата международного конкурса.
Его репертуар охватывает произведения И.С. Баха, раннего и позднего барокко, классицизма, французскую и немецкую романтическую музыку, русскую классику, музыку XX–XXI веков. Он является первым в России исполнителем ряда сочинений А. Гильмана, Ш. Видора, М. Дюпре, А. Муле, Й. Рейнбергера, Ф. Петерса, Ж. Йонгена и других малоизвестных в нашей стране авторов. Еще один приоритет его исполнительской деятельности – популяризация русской органной музыки XIX – начала XX веков, в том числе произведений В. Одоевского, К. Гомилиуса, С. Танеева, Х. Кушнарёва, С. Ляпунова, Г. Катуара, В. Каратыгина, Т. Бубека.
Музыкант имеет концертные записи в фондах радио и телевидении России, Германии, Бельгии. Среди его сольных альбомов – записи симфоний № 6 и 9 Ш.-М. Видора, всех органных сочинений Р. Шумана, органных фантазий И.С. Баха, музыки русских органных салонов, собственных композиций, диск Ave Maria.
Алексей Шмитов успешно выступает также как пианист и ансамблист. В числе его партнеров по сцене – скрипачи Виктор Пикайзен и Алексей Кошванец, виолончелист Александр Князев, флейтист Александр Корнеев, певцы Алексей Мартынов, Аслан Намиток, Марина Шутова, Ольга Кондина, Татьяна Ланская. Особенно плодотворно постоянное творческое содружество исполнителя с виолончелистом Александром Загоринским – музыканты осуществили запись семи компакт-дисков, среди которых монографические альбомы с музыкой С. Рахманинова, А. Тансмана, Э. Денисова, сонаты С. Франка и К. Дебюсси.
В 2006 году на Московском международном органном фестивале состоялась премьера «Торжественной Пасхальной мессы» А. Шмитова для хора, солистов и органа в содружестве с камерным хором «Духовное возрождение» под управлением Л. Конторовича.
Активную концертную деятельность музыкант сочетает с педагогической. С 1983 по 2020 годы он преподавал в Академическом музыкальном училище при Московской консерватории. В 2000–2005 годах работал в Высшей школе музыки и театра Дамаска (Сирия), где фактически основал первый в арабском мире класс органа; одновременно служил органистом Латинской церкви св. Антония в Дамаске. С 2005 года преподает в Московской консерватории. За более чем три десятилетия из его класса вышло немало музыкантов, занявших прочное место в концертной жизни России и Европы, – в их числе лауреаты международных конкурсов К. Волостнов, Е. Авраменко, В. Шевляков, Ф. Строганов, Ю. Пирожихина, М. Моисеева.
Алексей Шмитов неоднократно входил в жюри многих всероссийских и международных конкурсов, среди которых – конкурсы органистов имени Микаэла Таривердиева и имени Олега Янченко.
Является автором ряда произведений кантатно-ораториального жанра, сочинений для камерного оркестра, вокальных и органных опусов, духовной музыки. С 2008 года – член Союза композиторов России.